Naslov magistrskega dela: Računanje z izpodrivanjem verig DNA

Povzetek:

Preverjanje pravilnosti kaskad izpodrivanja verig DNA, ki implementirajo sinteznobiološke klasifikatorje (zmagovalec-vzame-vse, poraženec-vzame-vse) z arhitekturo seesaw, je eksperimentalno zahtevno, obstoječa modelirna orodja pa so bodisi premalo prilagodljiva za raziskovanje parametrov prevajalne sheme bodisi neprimerna za modeliranje reakcij parnega izničevanja, ki nastopajo v teh vezjih. Razvili smo orodje DISCO (angl. DISplacement cascade COmpiler), cevovod za sestavljanje vezij za procesiranje signalov z modularno, parametrizirano prevajalno shemo. Orodje omogoča sistematično in silico validacijo in formalno verifikacijo različic sheme s pomočjo naštevanja reakcij (Peppercorn), simulacije in preverjanja formalne ekvivalence s specifikacijo. Izpeljali smo parametre ločevanja časovnih skal, potrebne za pravilno modeliranje izničevanja. Ker ti parametri neizogibno ustvarijo prehodne komplekse, ki pri večjih vezjih prevladujejo v verifikacijski zahtevnosti, smo zasnovali shemo dodelitve lokalnih domen toehold, ki to zahtevnost bistveno zmanjša brez znatnega vpliva na simulacijske rezultate.

Mentor: prof. dr. Miha Moškon 

Somentorica: asist. Ana Halužan Vasle

Komisija za zagovor:

prof. dr. Miha Mraz (predsednik),

doc. dr. Uroš Čibej (član),

doc. dr. Tomaž Hočevar (član).

Prostor: Predavalnica 19