Naslov magistrskega dela: Pristopi za avtomatizirano analizo metabolnih modelov na nivoju genoma

Povzetek: Modeliranje metabolizma na nivoju genoma (angl. \emph{genome-scale metabolic modelling}, GEM) je pristop, ki povezuje podatke različnih visokozmogljivih tehnologij zajemanja podatkov z modeliranjem in omogoča celovito razumevanje bioloških sistemov. To nam pomaga pri razumevanju kompleksnih bolezni, med katere spada hepatocelularni karcinom (angl. \emph{hepatocellular carcinoma}, HCC), ki je najpogostejša oblika jetrnega raka in za katerim so oboleli preučevani pacienti. Za vsakega pacienta smo z algoritmi družine GIMME in iMAT rekonstruirali pare modelov tumor in netumor. Pri vrednotenju, katera metoda ekstrakcije modelov (angl. {model extraction method}, MEM) se je z našimi podatki najbolje izkazala, smo z večimi metodami in pristopi analizirali razlike med modeloma znotraj posameznega para. Na podlagi izvedenih analiz smo ugotovili, da ne moremo trditi, da smo našli algoritem MEM za ekstrakcijo kontekstno specifičnih modelov iz GEM-ov, za katerega bi lahko ugotovili, da je najbolj primeren za vsesplošno uporabo. Na preučevanih podatkih sta se najbolje izkazala algoritma iMAT in tINIT.

Mentor: izr. prof. dr. Miha Moškon

Somentorica: doc. dr. Tadeja Režen

Komisija za zagovor: 

prof. dr. Zoran Bosnić, predsednik

prof. dr. Miha Mraz, član

doc. dr. Aljaž Zalar, član

Povezava do video kanala, po katerem se bo prenašal zagovor in ga bo možno spremljati, bo dodana najkasneje na dan zagovora (predvidoma 30 minut pred terminom izvedbe zagovora) na spletni strani: https://ucilnica.fri.uni-lj.si/course/view.php?id=35